กลุ่มสนับสนุนการบริหาร
- กลุ่มงานแผนและงบประมาณ/กลุ่มงานประสานงานวิจัย/กลุ่มงานบริหารคุณภาพ
- กลุ่มงานการเงิน
- กลุ่มงานพัสดุ
- กลุ่มงานบัญชี
- กลุ่มงานบุคคล งานสารบรรณ งานเลขานุการ
- กลุ่มงานโสตทัศนูปกรณ์และประชาสัมพันธ์
- กลุ่มงานสนับสนุนด้าน IT และ Networking
กลุ่มหน่วยบริการ
- หน่วยบริการกลางเพื่อการวิเคราะห์กระบวนการและสิ่งแวดล้อม
Process & Environmental Analysis Center (PEC) - หน่วยวิศวกรรมและโรงงานต้นแบบ
Engineering and Pilot Plant (EPP) - หน่วยบริหารจัดการธุรกิจเทคโนโลยี
Business Technology Management (BTM) - หน่วยบริหารจัดการถ่ายทอดทักษะความรู้
Knowledge and Skill Development (KSD)
กลุ่มสนับสนุนการบริหาร
- ห้องปฏิบัติการวิจัยวาริชวิศวกรรม
Aquaculture Engineering (ACE) - ห้องปฏิบัติการวิจัยการเพาะเลี้ยงเซลล์สัตว์
Animal Cell Culture Laboratory (ACC) - ห้องปฏิบัติการวิจัยกลุ่มเกษตรแปรรูปและอาหารเชิงหน้าที่
Agricultural and Functional Food Processing (AFP) - ห้องปฏิบัติการวิจัยความหลากหลายทางชีวภาพของเชื้อรา
Fungal Biodiversity (BID) - ห้องปฏิบัติการวิจัยเทคโนโลยีชีวภาพสาหร่าย
Algal Biotechnology (AGB) - หน่วยปฏิบัติการวิจัยและพัฒนาวิศวกรรมชีวเคมีและโรงงานต้นแบบ
Biochemical Engineering and Pilot Plant Research and Development Laboratory (BEC) - ห้องปฏิบัติการวิจัยเทคโนโลยีการเผาไหม้
Combustion Technology Laboratory (CBT) - ห้องปฏิบัติการวิจัยบูรณาการระบบพลังงานสะอาด
Clean Energy Systems Integration (CESi) - ศูนย์พัฒนามาตรฐานและทดสอบระบบเซลล์แสงอาทิตย์
CES Solar Cells Testing Center (CSSC) - ห้องปฏิบัติการกลุ่มวิจัยการจัดการทรัพยากรฐานชุมชน
Community Resource Management Group (CRM) - ห้องปฏิบัติการวิจัยนิเวศวิทยาการอนุรักษ์
Conservation Ecology Group (CEG) - ศูนย์ความเป็นเลิศเฉพาะทางด้านการบำบัดและการใช้ประโยชน์จากของเสีย/เหลือใช้จากอุตสาหกรรมการเกษตร
Excellent Center of Waste Utilization and Management (EcoWaste) - ห้องปฏิบัติการวิจัยเอนไซม์เทคโนโลยี
Enzyme Technology Laboratory (ENZ) - ห้องปฏิบัติการวิจัยความพีงพอใจผ่านพฤติกรรมผู้บริโภค EATLAB (EAT)
- ห้องปฏิบัติการวิจัยนวัตกรรมเพื่อสังคม
Center of Innovation for Society (CIS) - ห้องปฏิบัติการวิจัยด้านเทคโนโลยีอาหารและวิศวกรรมอาหาร
Food Technology & Engineering Laboratory (FTE) - ห้องปฏิบัติการวิจัยเทคโนโลยีชีวภาพด้านรา
Fungal Biotechnology Laboratory (FGB) - ห้องปฏิบัติการวิจัยเทคโนโลยีการหมัก
Fermentation Technology (FMT) - ห้องปฏิบัติการเพื่อพัฒนาผลิตภัณฑ์
Product Development (PDD) - ห้องปฏิบัติการวิจัยการบำบัดมลพิษ
Remediation Laboratory (RMT) - ห้องปฏิบัติการวิจัยชีววิทยาระบบและชีวสารสนเทศ
Systems Biology & Bioinformatics Group (SBI) - ห้องปฏิบัติการวิจัยการหมักอาหารแบบแข็ง
Solid State Fermentation Laboratory (SSF) - ห้องปฏิบัติการวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีเซนเซอร์
Sensor Biotechnology Laboratory (SST) - ศูนย์ส่งเสริมและสนับสนุนมูลนิธิโครงการหลวงและโครงการตามพระราชดำริ
Royal Project Foundation and King’s Recommended Supporting Center (RSC) - กลุ่มวิจัยด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีระบบโลก
Earth Systems Science (ESS) - ห้องปฏิบัติการวิจัยเทคโนโลยีไขมัน
Lipid Technology Research Laboratory (LIP) - โครงการทักษะวิศวกรรมเคมี
Chemical Engineering Practice School (ChEPS) - โครงการทักษะวิศวกรรมเคมีแบบบูรณาการ
Constructionism Chemical Engineering Practice School (C-ChEPS) - ศูนย์วิจัยและวิศวกรรมเซลล์เชื้อเพลิงและไฮโดรเจน (Fuel cells and Hydrogen Research and Engineering Center (Fuel-cell))